付巧妹研究員團(tuán)隊(duì)完成關(guān)于不同古DNA實(shí)驗(yàn)方案中相關(guān)實(shí)驗(yàn)室背景污染物的系統(tǒng)評估
（神秘的地球uux.cn）據(jù)中國科學(xué)院古脊椎動物與古人類研究所：近年來，古DNA研究技術(shù)發(fā)展迅速，妹研特別是團(tuán)隊(duì)常州外圍（常州外圍女）外圍上門（電話微信199-7144=9724）提供一二線城市大圈外圍女資源單鏈DNA文庫構(gòu)建實(shí)驗(yàn)方案和機(jī)器人自動化液相處理實(shí)驗(yàn)的應(yīng)用，極大地提高了古DNA研究的完成污染物效率。這些技術(shù)在古DNA研究中應(yīng)用廣泛，關(guān)于古D關(guān)實(shí)但是不同背景目前尚不清楚不同實(shí)驗(yàn)方案在實(shí)際應(yīng)用中產(chǎn)生的背景污染情況，這一直是實(shí)驗(yàn)古DNA領(lǐng)域面臨的巨大挑戰(zhàn)之一。
近日，中相中國科學(xué)院古脊椎動物與古人類研究所分子古生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室付巧妹研究員團(tuán)隊(duì)完成了關(guān)于不同古DNA實(shí)驗(yàn)方案中相關(guān)實(shí)驗(yàn)室背景污染物的驗(yàn)室常州外圍（常州外圍女）外圍上門（電話微信199-7144=9724）提供一二線城市大圈外圍女資源系統(tǒng)評估。相關(guān)研究論文題為：“Assessment of contaminants associated with gold-standard ancient DNA protocols”，系統(tǒng)近期在線發(fā)表于Science Bulletin。評估
此前，付巧方案通過對低生物量微生物組研究中存在的妹研污染進(jìn)行梳理，并對微生物組研究中井間污染的團(tuán)隊(duì)量化研究表明，實(shí)驗(yàn)室中的完成污染物樣本污染是來自井間交叉污染和背景污染的組合，不同實(shí)驗(yàn)室的污染程度不同，不同的實(shí)驗(yàn)方案在井間交叉污染的發(fā)生情況和水平上存在差異。然而，關(guān)于實(shí)驗(yàn)室中樣本污染仍存在一些需要探究的問題。不同實(shí)驗(yàn)方案的背景污染情況是怎樣的？不同實(shí)驗(yàn)方案的組合應(yīng)用如何來盡可能地減少背景污染？
為了探究這些問題，研究人員利用在超凈實(shí)驗(yàn)室中，以不同實(shí)驗(yàn)方案處理的40個(gè)陰性對照樣品的鳥槍測序宏基因組數(shù)據(jù)進(jìn)行了詳細(xì)分析（圖1a），探究了超凈實(shí)驗(yàn)室的背景污染情況（圖1b-f），并對實(shí)驗(yàn)中盡可能地減少背景污染進(jìn)行了一定的探討。結(jié)果表明，水、土壤、空氣和人體皮膚等環(huán)境都是實(shí)驗(yàn)室背景污染的潛在來源。采用單鏈DNA文庫構(gòu)建實(shí)驗(yàn)方案與機(jī)器人自動化液相處理相結(jié)合的方式可以顯著降低背景微生物的多樣性，減少實(shí)驗(yàn)中可能產(chǎn)生的背景污染。
這項(xiàng)研究為評估古DNA實(shí)驗(yàn)方案的污染情況提供了參考，特別是為高度降解樣本的自動化處理實(shí)驗(yàn)方案進(jìn)行系統(tǒng)評估提供了新的見解。
本研究第一作者是古脊椎所聯(lián)合培養(yǎng)博士生苗波，通訊作者是古脊椎所古DNA實(shí)驗(yàn)室的付巧妹研究員和劉逸宸副研究員。相關(guān)研究得到中國科學(xué)院、國家自然科學(xué)基金、騰訊科學(xué)探索獎(jiǎng)、Feng基金經(jīng)費(fèi)支持。
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